低级格式化就是将空白的磁盘划分出柱面和磁道，再将磁道划分为若干个扇区，每个扇区又划分出标识部分ID、间隔区GAP和数据区 DATA等。可见，低级格式化是高级格式化之前的一件工作，它只能够在DOS环境来完成。而且低级格式化只能针对一块硬盘而不能支持单独的某一个分区。每块硬盘在出厂时，已由硬盘生产商进行低级格式化，因此通常使用者无需再进行低级格式化操作。其实，我们对一张软盘进行的全面格式化就是一种低级格式化。
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需要指出的是，低级格式化是一种损耗性操作，其对硬盘寿命有一定的负面影响。因此，许多硬盘厂商均建议用户不到万不得已，不可“妄”使此招。当硬盘受到外部强磁体、强磁场的影响，或因长期使用，硬盘盘片上由低级格式化划分出来的扇区格式磁性记录部分丢失，从而出现大量“坏扇区”时，可以通过低级格式化来重新划分“扇区”。但是前提是硬盘的盘片没有受到物理性划伤。
高级格式化就是清除硬盘上的数据、生成引导区信息、初始化FAT表、标注逻辑坏道等。一般我们重装系统时都是高级格式化，因为MBR不重写，所以有存在病毒的可能。MBR病毒可以通过杀毒软件清除或者在DOS下执行 fdisk /mbr 重写MBR 以彻底清除病毒。
简单地说，高级格式化就是和操作系统有关的格式化，低级格式化就是和操作系统无关的格式化。
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高级格式化主要是对硬盘的各个分区进行磁道的格式化，在逻辑上划分磁道。对于高级格式化，不同的操作系统有不同的格式化程序、不同的格式化结果、不同的磁道划分方法。
低级格式化是物理级的格式化，主要是用于划分硬盘的磁柱面、建立扇区数和选择扇区间隔比。硬盘要先低级格式化才能高级格式化，而刚出厂的硬盘已经经过了低级格式化，无须用户再进行低级格式化了。一般，只有在十分必要的情况下，用户才需要进行低级格式化，比如说，你的硬盘坏道太多，经常导致存取数据时产生错误，甚至操作系统根本无法使用，那么你就需要进行低级格式化了。再有如果你的硬盘上的某些和低级格式化有关的参数被病毒破坏了，如硬盘间隔系数等，那么你只有进行低级格式化重新建立这些参数了。
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很多主板的CMOS中都提供了进行低级格式化的功能，一般在HDD Low Level Format选项中，你的主板上如果有这个选项，你就可以直接使用其中的Hard Disk Low Level Format Utility进行低级格式化。也有很多主板上没有低级格式化的功能，如果是这样的话，那你最好使用该硬盘厂商提供的硬盘管理、低级格式化程序。也有一般通用的低级格式化程序，如DM（Disk Manager），PC－Tools等，如果你的硬盘是比较标准的，也可以使用这些工具进行低级格式化。